Un homme portait le chromosome Y le plus ancien au monde

Photo: Chromosomes. Leslie Perry via Flickr CC License by.

Albert Perry, un afro-américain de Caroline du Sud décédé il y a quelques années, portait le chromosome Y le plus original du monde. Le New Scientist rapporte que les scientifiques de l’entreprise Family Tree DNA, qui séquence de l’ADN afin d’aider ses clients dans des analyses généalogiques, ont eu la surprise de ne pas réussir à situer la séquence du chromosome Y d’Albert Perry dans la lignée des chromosomes Y connus.

L’ADN de centaines de milliers de personnes a déjà été testé. La base de données ainsi créée permet de comparer les différences entre les séquences afin de les situer chronologiquement: la fréquence des mutations au cours du temps permet de connaître l’âge de telle ou telle partie d’un chromosome. D’après tous les tests effectués jusqu’ici, tous les hommes ont reçu leur chromosome Y d’un ancêtre commun, qui aurait vécu il y a 60 à 140.000 ans. Sauf Albert Perry.

Des recherches supplémentaires de Michael Hammer, généticien à l’Université d’Arizona, ont montré que la lignée mâle d’Albert Perry s’était probablement séparée de toutes les autres il y a 338.000 ans, soit 140.000 ans avant l’apparition des premiers humains modernes, d’après les plus anciens fossiles connus.

Hammer, en examinant une base de données de 6.000 chromosomes, a retrouvé des similarités dans les chromosomes Y de 11 hommes dans un village du Cameroun. Albert Perry et ces hommes auraient probablement hérité leur chromosome Y d’une lignée éteinte depuis. Une lignée du genre Homo mais d'une autre espèce que celle de l'homme moderne.

Selon Nature News, ces croisements se sont produits aussi bien en Europe, avec l'homme de Néanderthal, qu'en Afrique, avec d'autres espèces «archaïques». Sur ce continent, ces croisements auraient eu lieu il y a environ 35.000 ans.

D'après le New Scientist, des fossiles examinés en 2011 au Nigéria afficheraient des caractéristiques empruntés à la fois à l'homme moderne et à l'homme archaïque. Le village du Cameroun où Albert Perry trouve probablement ses origines est situé à la frontière avec le Nigéria et non loin du site d'Iwo Eleru, où les fossiles ont été retrouvés.

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Les bactéries de la bouche, une empreinte qui varie en fonction de l'ethnie

Et si votre bouche était aussi unique que vos empreintes digitales ? Au cours des dernières années, les scientifiques ont appris à mieux connaître les mille milliards de bactéries qui peuplent notre organisme.

Une équipe suggère aujourd'hui qu'elles varieraient en fonction de l'ethnie. Si les bactéries sont souvent associées à des maladies, certaines peuvent être tout à fait bénéfiques. Le corps humain est d'ailleurs littéralement rempli et recouvert de milliards de bactéries regroupées sous le nom de microbiote. Cet ensemble de micro-organismes est particulièrement présent notamment dans les intestins ou sur la peau.

Or, ce microbiote joue un rôle crucial dans les processus organiques et le maintien d'une bonne santé. En effet, ce petit monde permet de limiter les infections en entrant en compétition avec les germes pathogènes. Si cet ensemble de bactéries est perturbé, cela peut donc conduire à l'apparition de certaines troubles voire de maladies. Néanmoins, le nombre de "bonnes bactéries" comme les espèces présentes varient d'un individu à l'autre. Autrement dit, si ces bactéries essentielles, le corps a aussi son mot à dire quant aux espèces qui sont autorisées à prospérer à l'intérieur de l'organisme. Et ceci serait en partie gérer par la génétique. C'est ce que viennent de démontrer une nouvelle fois des scientifiques de l'université d'état de l'Ohio qui ont analysé les différentes bactéries vivant dans la bouche (dans la salive, sur la surface des dents ou sous les gencives) de 192 volontaires.

Des différences flagrantes

Après avoir prélevé des échantillons dans la bouche de chaque participant, les chercheurs ont séquencé l'ADN de chaque bactérie présente. Ils ont ainsi détecté 398 espèces de bactéries différentes chez les 192 volontaires alors que la bouche de chacun contenait en moyenne 149 espèces de bactéries. Plus intéressant encore, les résultats ont montré une diversité très prononcée entre les individus. En effet, seules huit espèces de bactéries étaient présentes chez tous les volontaires. "Aucune des 192 personnes n'était pareille. C'est une véritable empreinte digitale", précise Purnima Kumar, auteur principal de l'étude, repris par le Smithsonian Mag. Toutefois, cette diversité n'est pas totalement hasardeuse. Elle serait notamment liée au groupe ethnique des volontaires. En effet, les membres de chacun des quatre groupes ethniques représentés (décrits eux-même comme Caucasiens, Afro-Américains, Chinois ou Latino) semblaient posséder des espèces de bactéries similaires, surtout au niveau des gencives.

Un environnement peu influent

En comptant les différentes variétés au niveau des gencives, les scientifiques ont pu développer un modèle capable de déterminer l'ethnicité d'une personne. Dans 62% des cas, le modèle s'est avéré juste. Certains groupes de personnes étaient, toutefois, plus faciles à identifier grâce aux bactéries. Le modèle est ainsi capable d'identifier les Latinos dans 67% des cas et les Afro-Américains dans 100% des cas. Les chercheurs soulignent que ces variations liées à l'ethnie sont dues aux gènes et non pas à l'environnement, contrairement à ce qu'ils pensaient au départ. En effet, ils s'attendaient à ce que le microbiote soit totalement dépendant des conditions de vie. Ils pensaient notamment que les membres d'un même groupe ethnique posséderaient différents mélanges de bactéries selon que leur famille est présente ou non depuis de nombreuses générations aux Etats-Unis. Mais cela n'a pas été le cas. À l'inverse, l'environnement des personnes n'a pas semblé avoir de relation avec les espèces de bactéries dans leur bouche. Mais, l'ethnicité et les similarités génétiques correspondaient souvent à un microbiote proche.

Des traitements adaptés à chacun ? À l'origine, l'objectif de cette étude était de déterminer les caractéristiques bactériennes partagées par les personnes avec une bonne hygiène buccale. Mais lorsque les chercheurs ont analysé les données, ce sont surtout les similarités ethniques qui leur ont sauté aux yeux. Et bien que les échantillons proviennent de toutes les régions de la bouche, les bactéries présentent sur les gencives possédaient une plus forte relation avec l'ethnicité et la génétique. D'après les chercheurs, ceci pourrait être dû au fait qu'elles sont moins touchées par les facteurs environnementaux comme le régime alimentaire ou la cigarette. Ces résultats pourraient améliorer les traitements pour la santé buccale, en aboutissant à des traitements adaptés à chaque patient.

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A l'origine de l'homme : les Khoe et les San

La plus ancienne diversification génétique humaine remonte à 100.000 ans La plus ancienne diversification génétique dans l'histoire de l'humanité remonte à environ 100.000 ans, bien avant que les ancêtres de l'homme moderne n'émigrent d'Afrique, selon une étude qui donne un nouvel éclairage sur les origines potentielles de l'homme moderne.

Cette recherche, parue dans la revue américaine Science du 21 septembre, a été menée avec 220 membres de groupes autochtones sud-africains, les Khoe et les San. Elle a permis d'analyser 2,3 millions de variations génétiques par personne, un nombre sans précédent.

Cette analyse génétique indiquerait notamment que le berceau de l'homme moderne ne se concentrerait pas seulement en Afrique de l'Est, comme le laissent penser les archives archéologiques, mais aurait des origines plus diverses sur le continent africain, ont expliqué ces chercheurs.

En s'appuyant sur ces données génétiques et d'autres statistiques nous ne trouvons pas d'images cohérentes pointant sur l'est de l'Afrique, a expliqué lors d'une conférence de presse Mattias Jakobsson de l'Université Uppsala en Suède, un des principaux auteurs de cette recherche.

En fait ce sont différentes parties de l'Afrique qui sont apparues pour avoir été potentiellement l'origine de l'homme anatomiquement moderne, a-t-il dit. ette analyse génétique a aussi révélé que les populations San originaires de Namibie et d'Angola se sont séparées des peuplades Khoe et San vivant en Afrique du sud il y a 25.000 à 40.000 ans.

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Le séquençage du génome n'est pas la panacée

Le séquençage du génome, dont le coût est en forte baisse, ne permet pas, contrairement à ce qui était espéré, de prédire le risque de nombreuses maladies, selon une étude américaine menée sur des jumeaux.

«Nous ne pensons pas que les tests génomiques pourront remplacer les stratégies actuelles de prévention», conclut le Dr Bert Vogelstein, professeur de cancérologie à la faculté de médecine de l'Université Johns Hopkins à Baltimore, un des principaux co-auteurs.«Un bon dépistage, un diagnostic précoce et des stratégies de prévention comme le fait de ne pas fumer et de retirer chirurgicalement des tumeurs cancéreuses au début de leur développement, sont les clés pour réduire la mortalité», insiste-t-il.

La vache a été domestiquée en Iran

La totalité des bovins modernes descendent de 80 vaches domestiquées il y a 10.500 ans au Proche-Orient à partir de l'aurochs sauvage, affirme une étude internationale à laquelle le CNRS et le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) ont participé.

Les chercheurs ont pour la première fois exploité l'ADN trouvé sur des ossements issus de sites archéologiques iraniens, appartenant à 15 bovins domestiques datant du néolithique jusqu'à l'Age de fer."Afin de reconstituer l'histoire des lignées domestiques, les chercheurs ont utilisé les petites variations de séquence observées dans l'ADN des bovins archéologiques tout comme dans celui des vaches modernes" en les comparant, explique le CNRS dans un communiqué. Les simulations informatiques "ont permis d'établir que les différences observées ne pouvaient résulter que d'un petit nombre initial de vaches, aux alentours de 80", ajoute le CNRS.

Sibérie : l'Altaï serait le berceau génétique des Amérindiens

Selon une étude d’anthropologues américano-russes, une petite région montagneuse du sud de la Sibérie serait le berceau génétique des premiers habitants du continent nord-américain, les Amérindiens.

C'est une découverte inattendue qu'a annoncée une étude publiée hier par une équipe internationale d’anthropologues américano-russes. Celle-ci révèle que le berceau génétique des Amérindiens se situerait dans l’Altaï, une région montagneuse d’anthropologues américano-russes. Comme l’explique Theodore Schurr, professeur adjoint d'anthropologie à l'Université de Pennsylvanie, l’Altaï "est un lieu clé marqué par le va-et-vient de nombreuses peuplades depuis plusieurs milliers d'années".

Or, certaines de ces peuplades seraient justement les ancêtres des tout premiers Américains et seraient arrivées il y a 20.000 ou 25.000 ans de l'Altaï, qui fait aujourd'hui partie de la Fédération de Russie. Initialement issues de lignées génétiques asiatiques, ces populations auraient traversé la Sibérie puis franchi le détroit de Béring pour arriver en Amérique. Le franchissement aurait alors été simple puisqu’à cette période la région n’était pas submergée par les eaux.

Pour arriver à une telle conclusion, les scientifiques ont analysé l'ADN du chromosome Y (transmis par le père) chez les Amérindiens et chez les autochtones de l'Altaï du Sud, rapporte TV5monde. Ils y ont découvert une mutation génétique unique dans la lignée partagée par les deux groupes. Des similitudes génétiques particulières ont également été découvertes dans le génome mitochondrial (hérité de la mère) de ces deux groupes, révèle l'étude.

Selon les estimations des chercheurs, la lignée Altaï aurait en fait divergé génétiquement de celle des Amérindiens il y a 13.000 à 14.000 ans. Cette hypothèse entre en adéquation avec les premières migrations de Sibérie vers l'Amérique, situées entre 15.000 et 20.000 ans en arrière. Outre le fait d'élucider la relation Asie-Amérique chez certaines populations, cette étude confirme aussi que la division culturelle d'aujourd'hui entre Altaï du Sud et du Nord aurait des racines anciennes.

Source :Maxisciences

Génétique : Homo sapiens est sorti d'Afrique via la péninsule arabique

Publiant ses travaux dans la revue Molecular Biology and Evolution, une équipe internationale, a développé avec l’aide d’IBM une nouvelle approche pour étudier la diversité génétique humaine. Grâce à cela, elle a découvert une route migratoire de nos ancêtres sortis d’Afrique passant bien plus au Sud que prévu, par la côte méridionale de l’Arabie et du Moyen-Orient.

Depuis 6 ans, le Genographic Project, une étude génétique internationale dirigée par le Dr Spencer Wells, s’appuie sur les puissants calculateurs du Computational Biology Center d’IBM pour explorer les modes de recombinaison au sein du génome humain. Un processus naturel qui fait se diviser et se recombiner nos molécules d'ADN.

"Près de 99% du matériel génétique d'un individu est fait de ‘couches’ d'empreintes génétiques de nombreuses lignées. Notre défi était de savoir s'il était encore possible de démêler ces lignées afin d’en comprendre les points communs. Grâce à une approche analytique et de modélisation mathématique, nous avons entrepris la tâche complexe de reconstituer l'histoire génétique d'une population", explique ainsi Laxmi Parida, d’IBM cité par BBC News.

Or, ces chercheurs ont constaté que les populations indiennes actuelles avaient une plus grande diversité génétique – donc une plus grande ancienneté – que les Européens et les Asiatiques de l'est. Ce qui suggère que les premiers Homo sapiens sortant d’Afrique (il y a 60 à 70.000 ans), plutôt que de passer par l’Égypte et le Sinaï, ont suivi une route côtière, passant (vraisemblablement à pied sec, vu le niveau de la Mer Rouge à l’époque) de la corne de l’Afrique à la Péninsule Arabique, puis longeant la côte sud de cette dernière pour atteindre, assez tôt, le sous-continent indien.

"Cela suggère que d'autres domaines de recherche tels que l'archéologie et l'anthropologie devraient rechercher des indices supplémentaires sur la route de migration des premiers humains", conclut Ajay Royyuru, co-auteur de l’étude, laquelle a utilisé du matériel génétique issu de près de 500.000 personnes du monde entier.